В Советский период в стране отсутствовал специализированный токсикологический журнал, а издававшийся с 1938 г. журнал «Фармакология и токсикология» публиковал преимущественно фармакологические работы. В 1991 г. токсикология вообще исчезла из названия журнала, поставив тем самым точку на возможности публикации научных токсикологических работ в специализированном издании. 

В 1992 г. в Российской Федерации, впервые в стране, была создана система Государственной регистрации потенциально опасных химических и биологических веществ, а также специализированное учреждение Российский регистр потенциально опасных химических и биологических веществ. В результате благоприятного стечения обстоятельств было принято решение приступить к изданию журнала «Токсикологический вестник», первый номер которого увидел свет в июне 1993г. В состав редакционной коллегии журнала вошли ведущие токсикологи России и стран Содружества. Существенную поддержку в создании журнала оказал существующий в то время Государственный комитет санэпиднадзора в лице Председателя Е.Н. Беляева и Первого заместителя С.В. Семёнова.

Со дня основания журнала его возглавили: Б.А. Курляндский - главный редактор, с 2018 г. Х.Х. Хамидулина.