Фомоидные грибы, ассоциированные с растениями семейства Convolvulaceae
- Авторы: Гомжина М.М.1, Гасич Е.Л.1
-
Учреждения:
- Всероссийский НИИ защиты растений
- Выпуск: Том 59, № 2 (2025)
- Страницы: 120-153
- Раздел: ГРИБЫ – ВОЗБУДИТЕЛИ БОЛЕЗНЕЙ РАСТЕНИЙ
- URL: https://rjsocmed.com/0026-3648/article/view/683480
- DOI: https://doi.org/10.31857/S0026364825020033
- EDN: https://elibrary.ru/sqpdup
- ID: 683480
Цитировать
Аннотация
Семейство Didymellaceae – одно из крупнейших в порядке Pleosporales, объединяющее основные роды фомоидных грибов: Ascochyta, Didymella, Stagonosporopsis и др. Некоторые дикорастущие растения семейства Convolvulaceae являются одними из наиболее вредоносных сорных растений и выступают как уникальный источник биоразнообразия фомоидных грибов, в том числе видов Didymellaceae. Надежную и корректную идентификацию видов фомоидных грибов можно осуществлять только в рамках консолидированной концепции видов (CSC), анализируя в совокупности молекулярно-филогенетические, микроморфологические и культуральные признаки. В результате многолетнего фитосанитарного мониторинга посевов сельскохозяйственных культур, а также нарушенных и естественных местообитаний авторами были собраны листья сорных растений семейства Convolvulaceae с симптомами пятнистостей. В чистую культуру было выделено более 200 изолятов фомоидных грибов. Из данной коллекции были выбраны 28 штаммов, которые предварительно были идентифицированы как виды семейства Didymellaceae. Целью работы была идентификация этих штаммов согласно CSC. Мультилокусный филогенетический анализ, основанный на последовательностях областей внутренних транскрибируемых спейсеров (ITS) и большой (28S) субъединицы рДНК, а также участков, ответственных за синтез β-тубулина (tub2) и второй большой субъединицы фермента РНК-полимеразы II (rpb2) позволил идентифицировать штаммы как 18 видов Didymellaceae: Ascochyta erotica, Didymella americana, D. bellidis, D. glomerata, D. macrostoma, D. pomorum, D. pseudomacrophylla, D. segeticola, D. sinensis, D. tanaceti, Epicoccum convolvulicola, E. pseudoplurivorum, Nothophoma brennandiae, N. gossypiicola, Phomatodes nebulosa, Stagonosporopsis caricae, S. heliopsidis и S. inoxydabilis. Все эти грибы были впервые выявлены на растениях семейства Convolvulaceae. Семь видов были впервые выявлены на территории России: Didymella bellidis, D. segeticola, D. sinensis. D. tanaceti, Nothophoma brennandiae, Phomatodes nebulosa и Stagonosporopsis caricae. Вид S. heliopsidis был впервые обнаружен в Казахстане. Помимо детальных филогенетических данных, рукопись сопровождается подробным описанием культуральных и микроморфологических признаков выявленных видов.
Полный текст

Об авторах
М. М. Гомжина
Всероссийский НИИ защиты растений
Автор, ответственный за переписку.
Email: gomzhina91@mail.ru
Россия, 196608, Санкт-Петербург
Е. Л. Гасич
Всероссийский НИИ защиты растений
Email: elena_gasich@mail.ru
Россия, 196608, Санкт-Петербург
Список литературы
- Ahmadpour S.A., Mehrabi-Koushki M., Farokhinejad R., Asgari B. New species of the family Didymellaceae in Iran. Mycol Prog. 2022. V. 21. P. 28. https://doi.org/10.1007/s11557-022-01800-5
- Aveskamp M.M., de Guyter J., Crous P.W. Biology and recent developments in the systematics of Phoma, a complex genus of major quarantine significance. Fungal Divers. 2008. V. 31. P. 1–18.
- Aveskamp M.M., Verkley G.J.M., de Gruyter J. et al. DNA phylogeny reveals polyphyly of Phoma section Peyronellaea and multiple taxonomic novelties. Mycologia. 2009. V. 101 (3). P. 363–382. https://doi.org/10.3852/08-199
- Aveskamp M.M., de Gruyter J., Woudenberg J.H.C. et al. Highlights of the Didymellaceae: a polyphasic approach to characterise Phoma and related pleosporalean genera. Stud. Mycol. 2010. V. 65. P. 1–60. https://doi.org/10.3114/sim.2010.65.01
- Boerema G.H., Gruyter J., Noordeloos M.E. et al. Phoma identification manual. CABI Publishing, L., 2004.
- Boyle J.S., Lew A.M. An inexpensive alternative to glassmilk for DNA purification. Trends Genet. 1995. V. 11 (1). P. 8. https://doi.org/10.1016/S0168-9525(00)88977-5
- Chen Q., Zhang K., Zhang G.Z. et al. A polyphasic approach to characterise two novel species of Phoma (Didymellaceae) from China. Phytotaxa. 2015a. V. 197 (4). P. 267–281. https://doi.org/10.11646/phytotaxa.197.4.4
- Chen Q., Jiang J.R., Zhang G.Z. et al. Resolving the Phoma enigma. Stud. Mycol. 2015b. V. 82. P. 137–217. https://doi.org/ 10.1016/j.simyco.2015.10.003
- Chen Q., Hou L.W., Duan W.J. et al. Didymellaceae revisited. Stud. Mycol. 2017. V. 87. P. 105–259. https://doi.org/10.1016/j.simyco.2017.06.002
- Chen T., Wang S., Jiang X., et al. New species of Didymellaceae within aquatic plants from Southwestern China. J. Fungi. 2023. V. 9. P. 761. https://doi.org/10.3390/jof9070761
- Crous P.W., Hawksworth D.L., Wingfield M.J. Identifying and naming plant-pathogenic fungi: past, present, and future. Ann. Rev. Phytopathol. 2015. V. 53. P. 247–267. https://doi.org/10.1146/annurev-phyto-080614-120245
- de Gruyter J., Aveskamp M.M., Woudenberg J.H.C., et al. Molecular phylogeny of Phoma and allied anamorph genera: Towards a reclassification of the Phoma complex. Mycol. Res. 2009. V. 113. P. 508–519. https://doi.org/10.1016/j.mycres.2009.01.002
- de Gruyter J., Woudenberg J.H.C., Aveskamp M.M., et al. Redisposition of Phoma-like anamorphs in Pleosporales. Stud. Mycol. 2012. V. 75. P. 1–36. https://doi.org/10.3114/sim0004
- Deb D., Khan A., Dey N. Phoma diseases: epidemiology and control. Plant Pathol. 2020. V. 69 (7). P. 1203–1217. https://doi.org/10.1111/ppa.13221
- Doyle J.J., Doyle J.L. Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus. 1990. V. 12. P. 13–15. https://doi.org/10.1007/978-3-642-83962-7_18
- Farr D.F., Rossman A.Y. Fungal databases, systematic mycology and microbiology laboratory. 2021. Agricultural research service United States department of agriculture. Accessed 13.08.2024. https://fungi.ars.usda.gov/
- Gannibal Ph.B., Gasich E.L., Berestetskiy A.O. et al. Materials to the study of micromycetes of weeds and wild herbaceous plants in the south of Russian Far East (Primorie and Khabarovsk territories). Mikologiya i fitopatologiya. 2010. V. 44. P. 105–117. (In Russ.) https://doi.org/10.31111/nsnr/2010.44.105
- Gasich E.L., Titova Yu.A. Micromycetes on weeds in Rostov Region. Bulletin of the All-Russian institute of plant protection. 1998. V. 78–79. P. 64–70. (In Russ.)
- Gasich E.L. Mycobiota of field bindweed in the European part of Russia and micromycetes promising for its control. Mikologiya i fitopatologiya. 2001. V. 35(2). P. 1–10. (In Russ.)
- Gasich E.L., Gannibal Ph.B., Berestetskiy A.O. et al. Materials to the study of micromycetes of weeds in the Krasnodar territory and Republic of Adygeya. Novosty sistematiki vysshykh rasteniy. 2011. V. 45. P. 91–100. (In Russ.) https://doi.org/10.31111/nsnr/2011.45.91
- Gasich E.L., Gannibal Ph.B., Berestetskiy A.O. et al. Fungal biodiversity on weeds and wild herbaceous plants in the Pskov region. Plant protection news. 2015. V. 84(2). P. 28–35. (In Russ.)
- Gasich E.L., Gannibal Ph.B., Berestetskiy A.O. et al. Micromycetes of weeds and wild herbaceous plants in the Republic of North Ossetia – Alania. Mikologiya i fitopatologiya. 2016. V. 50(4). P. 257–265. (In Russ.)
- Gasich E.L., Gagkaeva T. Yu., Khlopunova L.B. et al. Micromycetes of weeds and wild herbaceous plants in Smolensk region. Mikologiya i fitopatologiya. 2017. V. 51(5). P. 276– 282. (In Russ.)
- Gomzhina M.M., Gannibal Ph.B. Modern systematics of the genus Phoma sensu lato. Mikologiya i fitopatologiya. 2017. V. 51 (5). P. 268–275. (in Russ.) https://doi.org/10.31857/S0026364821050056
- Gomzhina M.M., Gasich E.L., Khlopunova L.B. et al. New species and new findings of Phoma-like fungi (Didymellaceae) associated with some Asteraceae in Russia. Nova Hedwigia. 2020а. V. 111(1–2). P. 131–149. https://doi.org/10.1127/nova_hedwigia/2020/0586
- Gomzhina M.M., Gasich E.L., Khlopunova L.B. et al. Paraphoma species associated with Convolvulaceae. Mycol. Progress. 2020b. V. 19. P. 185–194. https://doi.org/10.1007/s11557-020-01558-8
- Gomzhina M.M., Gasich E.L., Gagkaeva T. Yu. et al. Biodiversity of fungi inhabiting European blueberry in North-Western Russia and in Finland. Dokl. Biol. Sci. 2022. V. 507. P. 439–453. https://doi.org/10.1134/S0012496622060047
- Gomzhina M.M., Gasich E.L. Plenodomus species infecting oilseed rape in Russia. Plant protection news. 2022. V. 105 (3). P. 135–147. https://doi.org/10.31993/2308-6459-2022-105-3-15425
- Gomzhina M.M., Gasich E.L. Ascochyta erotica sp. nov. pathogenic on Convolvulus arvensis. Diversty. 2024а. V. 16(4). P. 246. https://doi.org/10.3390/d16040246
- Gomzhina M.M., Gasich E.L. Unique findings of Phoma-like fungi associated with soybean. Mikologiya i fitopatologiya. 2024b. V. 58 (2). P. 145–162. (In Russ.) https://doi.org/10.31857/S0026364824020062
- Gomzhina M.M., Gasich E.L. Didymellaceae species associated with Convolvulaceae plants with description of three new species. Mycologia. 2025 (unpubl.).
- Hou L.W., Groenewald J.Z., Pfenning L.H. et al. The Phoma-like dilemma. Stud. Mycol. 2020a. V. 96. P. 309–396. https://doi.org/10.1016/j.simyco.2020.05.001
- Hou L., Hernández-Restrepo M., Groenewald J.Z. et al. Citizen science project reveals high diversity in Didymellaceae (Pleosporales, Dothideomycetes). MycoKeys. 2020b. V. 65. P. 49–99. https://doi.org/10.3897/ mycokeys.65.47704
- Keirnan E.C., Tan Y.P., Laurence M.H., et al. Cryptic diversity found in Didymellaceae from Australian native legumes. MycoKeys. 2021. V. 78. P. 1–20. https://doi.org/10.3897/mycokeys.78.60063
- Kularathnage N.D., Senanayake I.C., Wanasinghe D.N., et al. Plant-associated novel didymellaceous taxa in the South China Botanical Garden (Guangzhou, China). J. Fungi. 2023. V. 9. P. 182. https://doi.org/10.3390/jof9020182
- Liu Y.J., Whelen S., Hall B.D. Phylogenetic relationships among ascomycetes: evidence from an RNA polymerase II subunit. Mol. Biol. Evol. 1999. V. 16. P. 1799–1808. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026092
- Liu J., Long Z., Xue L., et al. First report of Didymella sinensis causing leaf blight on italian ryegrass in China. Plant Dis. 2023. V. 107 (5). P. 1261–1640. https://doi.org/10.1094/PDIS-08-22-1831-PDN
- Lord E., Leclercq M., Boc A. et al. Armadillo 1.1: An original workflow platform for designing and conducting phylogenetic analysis and simulations. PLOS One. 2012. V. 7 (1). P. e29903. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0029903
- Lukina E., Gomzhina M., Dalinova A., et al. Reappraisal of Didymella macrostoma causing white tip disease of Canada thistle as a new species, Didymella baileyae, sp. nov., and bioactivity of its major metabolites. Mycologia. 2024. V. 116(6). P. 877–902. https://doi.org/10.1080/00275514.2024.2367470
- Luo X., Hu Y., Xia J. et al. Morphological and phylogenetic analyses reveal three new species of Didymella (Didymellaceae, Pleosporales) from Jiangxi, China. J. Fungi. 2024. V. 10. P. 75. https://doi.org/10.3390/jof10010075
- Minh B.Q., Schmidt H.A., Chernomor O. et al. IQ-TREE2: New models and efficient methods for phylogenetic inference in the genomic era. Mol. Biol. Evol. 2020. V. 35 (7). P. 1530–1534. https://doi.org/10.1093/molbev/msaa015
- Nekrasov E.V., Shumilova L.P., Gomzhina M.M. et al. Diversity of endophytic fungi in annual shoots of Prunus mandshurica (Rosaceae) in the South of Amur Region, Russia. Diversity. 2022. V. 14. P. 1124. https://doi.org/10.3390/d14121124
- O’Donnell K., Cigelnik E. Two divergent intragenomic rDNA ITS2 types within a monophyletic lineage of the fungus Fusarium are nonorthologous. Mol. Phylog. Evol. 1997. V. 7. P. 103–116. https://doi.org/10.1006/mpev.1996.0376
- Pearce T.L., Scott J.B., Crous P.W., et al. Tan spot of pyrethrum is caused by a Didymella species complex. Plant Pathol. 2016. V. 65. P. 1170–1184. https://doi.org/10.1111/ppa.12493
- Phookamsak R., Liu J-K., McKenzie E.H.C. et al. Revision of Phaeosphaeriaceae. Fungal Divers. 2014. V. 68. P. 159–238. https://doi.org/10.1007/s13225-014-0308-3
- Quaedvlieg W., Verkley G.J.M., Shin H–D., et al. Sizing up Septoria. Stud. Mycol. 2013. V. 75. P. 307–390. https://doi.org/10.3114/sim0017
- Rai M., Zimowska B., Kövics G.J. The genus Phoma: what we know and what we need to know? In: M. Rai, B. Zimowska, G.J. Kövics (eds). Phoma: diversity, taxonomy, bioactivities, and nanotechnology. Springer, Cham, Switzerland, 2022. P. 3–11. https://doi.org/10.1007/978-3-030-81218-8_1
- Rehner S.A., Samuels G.J. Taxonomy and phylogeny of Gliocladium analysed from nuclear large subunit ribosomal DNA sequences. Mycol Res. 1994. V. 98 (6). P. 625–634. https://doi.org/10.1016/S0953-7562(09)80409-7
- Saleh A.A., Leslie J.F. Cephalosporium maydis is a distinct species in the Gaeumannomyces-Harpophora species complex. Mycologia. 2004. V. 96 (6). P. 1294–1305. https://doi.org/10.2307/3762146
- Samson R.A., Hoekstra E.S., Frisvad J.C. et al. Introduction to food- and airborne fungi. Sixth edn. Centraal bureau voor schimmel cultures, Utrecht, 2002.
- Sanger F., Nicklen S., Coulson A.R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. PNAS USA. 1977. V. 74 (12). P. 5463–5467. https://doi.org/10.1073/pnas.74.12.5463
- Schoch C.L., Seifert K.A., Huhndorf S. et al. Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. PNAS USA. 2012. V. 109. P. 6241–6246. https://doi.org/10.1073/pnas.1117018109
- Sung G.H., Sung J.M., Hywel-Jones N.L. et al. A multi-gene phylogeny of Clavicipitaceae (Ascomycota, Fungi): identification of localized incongruence using a combinational bootstrap approach. Mol. Phylog. Evol. 2007. V. 31. P. 1204–1223. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2007.03.011
- Taylor J.W., Jacobson D.J., Kroken S., et al. Phylogenetic species recognition and species concepts in fungi. Fungal Genet. Biol. 2000. V. 31(1). P. 21–32. https://doi.org/10.1006/fgbi.2000.1228
- Tennakoon D.S., Thambugala K.M., de Silva N.I., et al. Leaf litter saprobic Didymellaceae (Dothideomycetes): Leptosphaerulina longiflori sp., nov. and Didymella sinensis, a new record from Roystonea regia. AJOM. 2019. V. 2 (1). P. 87–100. https://doi.org/10.5943/ajom/2/1/3
- Thompson J.D., Gibson T.J., Plewniak F. et al. The ClustalX windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools. Nucleic Acids Res. 1997. V. 24. P. 4876–4882. https://doi.org/10.1093/nar/25.24.4876
- Vilgalys R., Hester M. Rapid genetic identification and mapping of enzymatically amplified ribosomal DNA from several Cryptococcus species. J. Bacteriol. 1990. V. 172. P. 4238–4246. https://doi.org/10.1128/jb.172.8.4238–4246.1990
- White T.J., Bruns T., Lee S. et al. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. PCR Protocols. In: M.A. Innis etc. (eds). A guide to methods and applications. San Diego, Acad. Press, 1990. pp. 315–322.
- Zhao P., Crous P.W., Hou L.W. et al. Fungi of quarantine concern for China I: Dothideomycetes. Persoonia. 2021. V. 47. P. 45–105. https://doi.org/10.3767/persoonia.2021.47.02
- Zimowska B. Taxonomical evaluation of Phoma: history of classification, current status and future directions. In: M Rai, B Zimowska, GJ Kövics (eds). Phoma: diversity, taxonomy, bioactivities, and nanotechnology. Springer, Cham, Switzerland, 2022. P. 13–34. https://doi.org/10.1007/978-3-030-81218-8_2
- Ганнибал Ф.Б., Гасич Е.Л., Берестецкий А.О. и др. (Gannibal et al.) Материалы к изучению микромицетов сорных и дикорастущих травянистых растений юга Дальнего Востока России (Приморский и Хабаровский края) // Микология и фитопатология. 2010. Т. 44. С. 105–117. https://doi.org/10.31111/nsnr/2010.44.105
- Гасич Е.Л., Титова Ю.А. (Gasich, Titova) Микромицеты на сорных растениях Ростовской обл. // Бюллетень Всероссийского научно-исследовательского института защиты растений. 1998. Т. 78–79. С. 64–70.
- Гасич Е.Л. (Gasich) Микобиота вьюнка полевого на территории европейской части России и микромицеты, перспективные для его контроля. Микология и фитопатология. 2001. Т. 35(2). С. 1–10.
- Гасич Е.Л., Ганнибал Ф.Б., Берестецкий А.О. и др. (Gasich et al.) Материалы к изучению микромицетов сорных растений Краснодарского края и республики Адыгея. Новости систематики низших растений // 2011. Т. 45. С. 91–100. https://doi.org/10.31111/nsnr/2011.45.91
- Гасич Е.Л., Ганнибал Ф.Б., Берестецкий А.О. и др. (Gasich et al.) Видовой состав микромицетов на сорных и дикорастущих травянистых растениях Псковской обл. // Вестник защиты растений. 2015. Т. 84(2). С. 28–35.
- Гасич Е.Л., Ганнибал Ф.Б., Берестецкий А.О. и др. (Gasich et al.) Микромицеты сорных и дикорастущих травянистых растений республики Северная Осетия – Алания // Микология и фитопатология. 2016. Т. 50. № 4. С. 257–265.
- Гасич Е.Л., Гагкаева Т.Ю., Хлопунова Л.Б. и др. (Gasich et al.) Микромицеты сорных и дикорастущих травянистых растений Смоленской обл. // Микология и фитопатология. 2017. Т. 51. № 5. С. 276–282.
- Гомжина М.М., Ганнибал Ф.Б. (Gomzhina, Gannibal) Современная систематика грибов рода Phoma sensu lato // Микология и фитопатология. 2017. Т. 51. № 5. С. 268–275. https://doi.org/10.31857/S0026364821050056
- Гомжина М.М., Гасич Е.Л. (Gomzhina, Gasich) Редкие виды фомоидных грибов, ассоциированные с соей. Микология и фитопатология. 2024. Т. 58(2). С. 145–162. https://doi.org/10.31857/S0026364824020062
Дополнительные файлы
